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科学城东区规划面积32.5平方公里，重点聚焦地球科学、生命健康、气候经济等领域，加速成为世界级原始创新承载区。目前，地球系统数值模拟装置、5个交叉平台项目（深部资源探测技术装备研发平台、京津冀大气环境与物理化学前沿交叉研究平台、环境污染物识别与控制协同创新平台、泛第三极环境综合探测平台、清华大学空地一体环境感知与智能响应研究平台）已经陆续投入运营，北京大学怀密医学中心、北京第二实验学校等项目，正在规划建设。
中关村密云园规划面积19.44平方公里，其中，密云经济开发区规划面积12.5平方公里、密云生态商务区规划面积6.94平方公里。中关村密云园成为全区经济发展的主阵地。是密云经济建设的主战场、科技创新的策源地、科学城成果转化的承载区，围绕医药健康、智能制造、生态环保、信息技术四个重点产业方向，打造大健康产业聚集区，建设生命健康产业园；打造智能制造产业聚集区，建设科技成果转化产业园；打造节能环保产业聚集区；大力发展科技服务业。
密云区国家现代农业产业园总占地面积407平方公里，围绕东邵渠镇、河南寨镇、巨各庄镇、穆家峪镇四个镇建立产业园园区，以特色果品、精品蔬菜为主导产业，打造“1+3+N”的总体空间布局，即“1”个蔡家洼核心区，北京极星现代农业科技园、汇源密云农谷、邑仕山谷葡萄沟示范园组成的“3”个高效农业创新中心，“N”个果蔬生产基地。
